Židé přicházeli na Vysočinu od raného středověku. Usazovali se v místech konání významných trhů, na křižovatkách dálkových obchodních cest a v podhradí panovnických sídel. Nejstarší zmínka o židovském osídlení v okolí Jihlavy pochází z roku 1345, kdy zde existovalo devět židovských obcí, jako Jihlava, Batelov, Brtnice, Polná, Telč nebo Větrný Jeníkov. Až do husitských válek žili Židé relativně klidně, sice mnohokrát utrpěli finanční ztráty způsobené zrušením veškerých dluhopisů, ale obávané pohromy se jim vyhnuly. Po roce 1451 byli však pod nejrůznějšími záminkami vypovídáni ze všech královských měst. Odcházeli proto do sousedních městeček a vesnic, v nichž byly položeny základy pro zdejší židovské obce. Teprve v průběhu druhé poloviny 18. století bylo Židům za poplatek udělováno právo pobytu, směli studovat na školách a provozovat řemesla. V té době je evidováno šest židovských obcí, patřila k nim například Třebíč nebo Velké Meziříčí. 

Na přelomu století existovalo na Vysočině třicet obcí. Další vývoj ovšem utnula nacistická okupace, rok 1942 a holocaust.

Na mnoha místech Vysočiny se setkáme s památkami na židovské osídlení – jednotlivými domy, čtvrtěmi, synagogami. Jejich rekonstrukci je v řadě měst věnována velká pozornost a přestože synagogy neslouží svému původnímu účelu, jsou zpřístupněny veřejnosti jako výstavní nebo koncertní prostory. V důsledku necitlivého přístupu minulých desetiletí zůstaly však na četných místech jedinou památkou židovské hřbitovy.